La lucha contra los indígenas mesoamericanos fue sólo un lado de las luchas que tuvo que librar Hernán Cortés. Desde el principio, fue tan importante para él luchar por el reconocimiento de las autoridades españolas. Su mayor adversario en esto fue Diego Velásquez, gobernador de Cuba, cuyas órdenes Cortés había desobedecido cuando se fue con sus hombres en febrero de 1519. Por esta razón, el Capitán General se preocupó por actuar en las batallas siguiendo las directrices de la Corona en España y de difundir la fe cristiana a través de la misión. Al menos, así es como él mismo lo describió en sus cartas de relación, fuertemente tendenciosas, dirigidas al emperador y rey en la lejana Europa.

Así, Cortés trató de presentarse como un fiel vasallo y, además, como un noble caballero de la cruz, para legitimar sus acciones y hacer olvidar el acto de desobediencia que fue el comienzo de toda la empresa. En cambio, Cortés tuvo que representar los actos de Velázquez de la peor manera posible para socavar la autoridad del gobernador en la corte. Esto era vital para la supervivencia de Cortés, porque si no lo hacía, se le amenazaba con la horca a su regreso. Hay que tener en cuenta esta tensión si se quiere entender el contexto de la batalla con Narváez. Narváez era un fiel seguidor e incluso un pariente de Velázquez y el gobernador le había enviado para destituir a Cortés y recuperar el control de la compañía.

Pero incluso antes de que llegara Narváez, el conflicto entre Cortés y Velázquez y la lucha por el favor del monarca seguía latente. Con la fundación de Villa Rica de la Vera Cruz, Cortés trató de ponerse directamente bajo el poder Rey y evitar las autoridades en “las Indias”, es decir al gobernador de Cuba y a la Audiencia en Santo Domingo. Ambas partes se sirvieron de ciertos intermediarios en España que, en su nombre, crearon el ambiente y sobornaron a círculos influyentes en la corte. Velázquez tuvo más éxito al principio y recibió el privilegio real de descubrir, conquistar y colonizar nuevas tierras en Mesoamérica, aunque todavía estaba en Cuba; mientras que Cortés ya hacía tiempo que había logrado sus primeros éxitos en el lugar. Pero Cortés luchó contra esto, y su padre Martín en España le prestó un servicio inestimable. Lo que hablaba por él era que enviaba los ricos regalos del tesoro de los mexicas a Europa, donde eran una sensación. Se reavivó el entusiasmo por América que se había atenuado tras los fracasos de la colonización en el Caribe.

Pero incluso cuando Cortés y sus hombres ya estaban en Tenochtitlan y tenían a Moctezuma en su poder, su situación con respecto a las autoridades españolas aún no estaba clara. Con el presidente del Consejo de Indias, Juan Rodríguez de Fonseca -obispo de Burgos-, Velásquez tenía un confidente muy poderoso en la corte. Cuando el gobernador tomó la decisión de enviar a Narváez, lo hizo porque estaba seguro de su apoyo en España. Los preparativos para la gran empresa se discutieron en el Caribe y llamaron la atención del gobernador interino de Santo Domingo, Rodrigo de Figueroa, de iure la máxima autoridad española en las Indias. Figueroa envió al auditor de la Audiencia, Lucas Vázquez de Ayllón, a Cuba para evitar una batalla entre los españoles. Ya que Ayllón no pudo detener a Velázquez y a Narváez, decidió a acompañar a la flota con sus propias naves para mediar entre los conquistadores.

Como sabemos, los esfuerzos de mediación de Ayllón no tuvo éxito, la batalla tuvo lugar y terminó con la victoria de Cortés. Velázquez no sólo había perdido a su confidente más importante y una costosa flota, sino que su posición en España se deterioró también, aunque esto sólo se estaba haciendo evidente poco a poco. Cortés, por otra parte, había logrado un éxito importante, pero su situación general apenas mejoró al principio. No estaba claro qué decidiría la corona.

Incluso después de la caída de Tenochtitlan, la situación del autoproclamado capitán general no estaba del todo clara. La Corona tuvo tanto que atender con el levantamiento de los Comuneros en España y la Reforma en el Imperio que los eventos en el lejano México recibieron poca atención. A finales del verano de 1521 el Veedor de Santo Domingo, Cristóbal de Tapia, fue incluso instruido por Fonseca para que tomara el poder gubernamental allí y arrestara a Cortés. Sin embargo, Tapia no tuvo éxito y la Audiencia de Santo Domingo se puso del lado de Cortés, otorgándole los poderes necesarios de forma provisional hasta que se recibiera la decisión del Emperador. Sólo a mediados de 1522 el monarca llegó a leer los informes de las cartas de México. Para entonces, Fonseca ya estaba desprovisto de poder. En octubre, el emperador finalmente firmó las confirmaciones del poder de Cortés en Valladolid. En el otoño del año siguiente, los documentos que él había estado esperando durante años llegaron a México. En 1524, cuando murieron el obispo Fonseca y el gobernador Velázquez, sus dos adversarios más obstinados, Cortés se sintió, sin duda, en la cumbre de su poder. Sin embargo, su triunfo iba a ser efímero.