Rafael Flores Hernández es historiador por la Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM, maestro y candidato a doctor en Estudios Mesoamericanos por la misma universidad. Entre sus trabajos de corte historiográfico podemos mencionar los artículos “El Título de la casa Ixquín-Nehaib, un documento maya de la época colonial”, “El papel del clero en América Central” y “Guatemala en el contexto de la Guerra Fría: de campo de experimentación, asemillero de movimientos altermundistas”. Es autor de los libros La protectoría de indios en el siglo XVI (2010), y coordinador de las obras Mesoamérica: una mirada a través del tiempo (2012) y Entidades sagradas del universo maya (2018).
Actualmente se desempeña como investigador del Centro de Investigaciones Históricas y Culturales de la Secretaría de Cultura del Estado de Hidalgo y como docente, tutor e investigador en el Instituto de Educación Media Superior de la CDMX.