En los primeros días de julio de 1519, Cortés y el cabildo de la Villa Rica de la Vera Cruz ultimaban los preparativos para el despacho de los procuradores a Castilla. A Montejo y Portocarrero, además de la Primera relacióny las cartas del cabildo, se les confiaron documentos de particulares. Estos incluían las cartas de poder e instrucciones de Cortés para las personas que actuarían en su nombre, como si él mismo hiciese la gestión. Entre ellos se encontraba su padre, Martín Cortés, a quien, junto con el licenciado Alonso de Céspedes, envió una memoria con indicaciones sobre cómo quería que procedieran. La distancia nunca fue para Cortés un inconveniente pues donde no llegaba él lo hacían sus cartas, instrucciones y poderes.

Desde la llegada de los procuradores a la Península, don Martín se convirtió en el mejor defensor de los asuntos de su hijo. Por su parte, Diego Velázquez, en cuanto supo que el 23 de agosto había hecho escala en la isla la capitana de la armada que envió con Cortés, reaccionó y se apresuró a mover sus hilos en la corte. Escribió al señor de Xièvres, uno de los nobles flamencos cercanos al rey y con gran ascendencia sobre el joven monarca. También, a petición de Gonzalo de Guzmán y Pánfilo de Narváez, nombrados contador y tesorero de las tierras en las que estaba Cortés, hizo una probanza con testigos sobre el paso por la isla de la Santa María de la Concepción y de que iba cargada de oro. En ella, las sospechas recaen sobre el piloto, Antón de Alaminos, y el maestre, Juan Bautista, que habían hurtado el navío, «cosa grave y fea» por la que merecían castigo. Pero pronto corrió la noticia de que había sido Cortés el que despachó el navío que pasó por la isla. El enfrentamiento estaba servido.

En noviembre de 1519, cuando se recibieron en la Casa de la Contratación los objetos enviados desde Veracruz, comenzó la competición entre los defensores de Velázquez y los de Cortés, cada uno con sus razones. ¿Cómo organizó cada una de las partes la defensa de sus intereses en la distancia? A Velázquez, inicialmente lo representó su capellán, Benito Martínez, y sus quejas encontraron eco en el obispo de Burgos, Juan Rodríguez de Fonseca, que tenía mucho poder en los asuntos de las Indias. La defensa de Cortés corrió a cargo de su padre, quien coincidió en Sevilla con los procuradores de Veracruz e inició las gestiones encargadas por su hijo. El primer inconveniente que encontraron fue el embargo en la Casa de la Contratación de todo lo cargado en la embarcación. Aunque pidieron su entrega, la defensa de Velázquez la contradijo y no lograron que se ordenase su devolución hasta mayo de 1520.

Benito Martínez, capellán de Diego Velázquez, se apresuró a pedir que no se diese crédito a la narración de Montejo y Portocarrero, porque Velázquez había enviado a Cortés «a calar la isla de Uloa y a poblar donde mejor les pareciese» y el capitán, viendo la riqueza de la tierra, se alzó, por lo que merecía ser castigado. Además, solicitaba que nadie pudiese rescatar ni cautivar indios en quinientas leguas alrededor de lo descubierto, porque sería alborotarlos para siempre.

Frente a su relato estaba el de Cortés, defendido por don Martín. Sostenía que su hijo se había concertado con Velázquez para ir a rescatar a la «isla de Coluacán», aportando a la armada siete carabelas frente a las tres de Velázquez; que la armada fue con intención de rescatar pero que, finalmente, poblaron y su hijo fue elegido por toda la gente gobernador y justicia mayor. Su pretensión era que se le concediese la gobernación durante el tiempo que durase la conquista y las mercedes contenidas en una instrucción que le envió.

A partir de entonces, la actividad del padre de Cortés en defensa de su hijo fue intensa, en ocasiones personalmente, en otras por procuradores que actuaban en su nombre. En el seguimiento de tales asuntos contó con la ayuda del licenciado Francisco Núñez, uno de los numerosos primos de Cortés que prosperaron a su sombra. La red se amplió con la intervención puntual de otros allegados y vecinos de Medellín en los que delegó actuaciones, y de las personas que enviaba Cortés desde la Nueva España, no siempre del agrado de su padre.

 El gran apoyo de don Martín, el licenciado Francisco Núñez, que era hijo de su hermana de padre, Inés Gómez de Paz, y del escribano salmantino Francisco Núñez de Valera, en cuya casa vivió Cortés durante sus años en Salamanca. Cuando llegaron los procuradores a Castilla, el joven se encontraba en Barcelona en compañía del doctor Lorenzo Galíndez de Carvajal, consejero de Castilla. Este había sido catedrático en la Universidad de Salamanca y oidor en la Chancillería de Valladolid antes de ser promovido al Consejo Real de Castilla. Conocía bien los asuntos de las Indias y contar con su favor fue vital para neutralizar las acciones de los defensores de Diego Velázquez, a quienes favorecía el poderoso Fonseca. El pariente se movía en la corte y podía tener acceso a muchas personas y a las noticias que circulaban. Además, el padre de Cortés siempre defendió que los negocios de su hijo debían estar atendidos por «deudos» es decir, por personas de la familia.

Con el paso de los años, Núñez reivindicó su protagonismo al afirmar que en 1519 propició que el doctor Galíndez de Carvajal recibiese a los procuradores y a don Martín. Durante los tres años siguientes atendió los asuntos de Cortés en Barcelona, Valladolid, La Coruña y Vitoria, donde estaban los gobernadores que dejó el rey cuando abandonó la Península. Cuando el emperador regresó de Flandes, siguió velando por sus asuntos en Palencia, juntamente con don Martín Cortés, Montejo y Portocarrero.

Lograr una amplia red de apoyos en la corte, pero sobre todo el de Mercurino Gattinara y Francisco de los Cobos, se convirtió en su objetivo. En la isla de Cuba, Francisco Altamirano, primo de Cortés, se ocupó de solicitar copia de las actuaciones de Velázquez. Por su parte, Fonseca había logrado el nombramiento de Cristóbal de Tapia como gobernador de la Nueva España, aunque cuando llegó, en diciembre de 1521, no fue recibido por los cabildos de la tierra.

Pensando que sus negocios estaban desatendidos, Cortés envió en 1522 a Juan de Ribera como procurador. Pero en la representación de los asuntos de su hijo, la apuesta de don Martín por su sobrino estaba decidida. Se ocupó de advertir a Ribera que Núñez actuaba en su nombre, estaba informado de los negocios y sabía cómo y con quién había que negociar. A su vez, previno a Núñez que vigilase qué hacía Ribera y escribió a Cortés para decirle que no había necesidad de enviar más procuradores y que más valía confiar en Núñez que en extraños.

Don Martín tenía el control de la representación de su hijo por el poder que otorgó en Coyoacán en mayo de 1522. Hasta entonces lo había representado en asuntos concretos pero ahora, aprobando todo lo que había hecho hasta entonces, le concedía amplias competencias. En nombre de su hijo podría: presentarse ante el rey y ante los del Consejo Real para hacer relación de la conquista; dar cuenta de los gastos y servicios en aumento de las rentas reales; informar del descubrimiento de la Mar del Sur; solicitar en su nombre las mercedes y escrituras que le conviniese; hacer capitulaciones y contratos con el rey, con sus gobernadores, presidente del Consejo, contadores mayores y personas particulares; demandar y cobrar el oro, plata, perlas, piedras y joyas que enviara.

De gran importancia para su defensa fue señalar en el documento que, ante las relaciones, escritas o verbales, contrarias a la verdad y en perjuicio suyo, pudiese hacer probanzas en su nombre y, si conviniese a sus pleitos, causas y negocios, recusar a los jueces. En su mano también estaba revocar los poderes que su hijo había otorgado a favor de otras personas. Si no pudiese asumir todos los asuntos delegados en él, por enfermedad o por su fallecimiento, para que sus asuntos no quedasen indefensos, Cortés señaló que usase el poder Francisco de las Casas, vecino de Trujillo. Este no podría cobrar los maravedís, oro, plata, perlas que enviase, facultad que correspondería a su madre, Catalina Pizarro y, por fallecimiento de ambos, al guardián del monasterio de San Francisco de Medellín. Si bien Cortés confió en Francisco de las Casas, por las diferencias que tuvo con don Martín, este último llegó a afirmar que prefería ver perder los negocios de su hijo antes de que cayesen en sus manos.

En julio de 1522, cuando el emperador regresó de Flandes, las diferencias entre Cortés y Diego Velázquez seguían sin resolverse. A inicios de año, Fonseca había ordenado el embargo de lo enviado por Cortés con Diego de Ordás, Alonso de Ávila y Alonso de Mendoza. Los intereses de Velázquez eran defendidos entonces por su primo, Manuel de Rojas, y Juan Velázquez. Para neutralizar el apoyo de Fonseca, don Martín y Núñez lo habían visitado en varias ocasiones, aunque solo recibieron palabras duras y una actitud hostil hacia los asuntos de Cortés. Por aquella razón lo recusaron. Según Núñez, el doctor Carvajal habló al emperador sobre el caso y se determinó que el obispo no entendiese más en ellos.

Finalmente, para resolver el enfrentamiento entre Velázquez y Cortés se designó una comisión de seis personas, entre ellas al doctor Carvajal y el canciller Gattinara, que escucharon a las partes y pronunciaron sentencia, reconociendo a Cortés por buen servidor, y lo nombraron gobernador de la Nueva España. A Diego Velázquez se le comunicó la noticia y se le ordenó que no despachase ninguna armada contra él, al igual que a Francisco de Garay. La intensa actividad desplegada por la defensa de Cortés, especialmente por don Martín, había logrado su objetivo, pese a que Montejo afirmase que, «como era viejo no entendía en nada».

El tándem Martín Cortés-Francisco Núñez funcionó hasta la muerte de don Martín. Al igual que su hijo, a través de las cartas dio órdenes sobre los muchos asuntos que convenía atender; trató con los enviados de su hijo (Alonso de Mendoza, Diego de Ordás, Juan de Ribera, fray Pedro Melgarejo....) y tuvo la sensación de que «el fin de todos no es sino quitarme la pluma, la cual es ya tan poca que pocos plumajes se podrían hacer della». Cultivó el favor con presentes y regalos; estuvo atento a los movimientos en la corte y sus cartas llegaron a los consejeros de Indias; desplegó una amplia red de relaciones en la que encontró un punto de apoyo en el duque de Béjar, claro defensor de Cortés cuando las críticas arreciaron. Don Martín antepuso siempre a Núñez en la representación de los negocios de su hijo y este se promocionó al obtener una plaza de relator en el Consejo Real. Luego la dejó de lado para atender exclusivamente los negocios de Cortés.